北京聯(lián)合大學(xué)臺(tái)灣研究院的前身是1989年5月成立的北京聯(lián)合大學(xué)文法學(xué)院臺(tái)灣研究室和2000年12月成立的北京聯(lián)合大學(xué)臺(tái)灣研究所。

　　20世紀(jì)80年代，隨著兩岸關(guān)系的逐漸開(kāi)放，臺(tái)灣問(wèn)題研究漸漸成為學(xué)術(shù)界研究的熱點(diǎn)。1989年5月，北京聯(lián)合大學(xué)文法學(xué)院臺(tái)灣研究室成立，徐博東任研究室主任。20世紀(jì)90年代中葉，隨著校內(nèi)學(xué)院的整合，臺(tái)灣研究室劃歸應(yīng)用文理學(xué)院。

　　20世紀(jì)90年代，經(jīng)過(guò)艱辛的努力，徐博東教授在臺(tái)灣問(wèn)題研究方面取得了突出的成就，在海峽兩岸受到普遍關(guān)注。在校領(lǐng)導(dǎo)的支持下，2000年12月3日，應(yīng)用文理學(xué)院臺(tái)灣研究室升格為北京聯(lián)合大學(xué)臺(tái)灣研究所。2004年2月10日，臺(tái)灣研究所從應(yīng)用文理學(xué)院遷址到校本部。

　　2005年，為適應(yīng)加強(qiáng)臺(tái)灣問(wèn)題研究的需要，北京聯(lián)合大學(xué)決定撤銷(xiāo)臺(tái)灣研究所，建立臺(tái)灣研究院。4月23日，北京聯(lián)合大學(xué)臺(tái)灣研究院正式成立，徐博東任院長(zhǎng)。原海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)會(huì)長(zhǎng)汪道涵為臺(tái)灣研究院題寫(xiě)了院名，原國(guó)臺(tái)辦副主任唐樹(shù)備擔(dān)任名譽(yù)院長(zhǎng)。

　　自成立以來(lái)，臺(tái)灣研究院本著“立足北京、服務(wù)中央、發(fā)展聯(lián)大、突出應(yīng)用”的宗旨，在北京市教委、北京市臺(tái)辦等上級(jí)領(lǐng)導(dǎo)部門(mén)和北京聯(lián)合大學(xué)的領(lǐng)導(dǎo)下，積極展開(kāi)對(duì)臺(tái)研究工作，完成了一批科研課題，其中多項(xiàng)成果受到國(guó)臺(tái)辦、市臺(tái)辦的表彰。同時(shí)，積極組織、參與重大的學(xué)術(shù)交流活動(dòng)，撰寫(xiě)了數(shù)百篇時(shí)事評(píng)論和學(xué)術(shù)文章，接受了數(shù)千次海內(nèi)外新聞媒體的采訪，宣傳了祖國(guó)大陸的對(duì)臺(tái)政策，并使臺(tái)灣研究院成為北京聯(lián)合大學(xué)對(duì)外交流的重要窗口。

　　臺(tái)灣研究院現(xiàn)有工作人員17人（其中返聘1人），教授4人，副教授7人，博士11人，碩士生導(dǎo)師7人。另有100多位海峽兩岸著名專(zhuān)家學(xué)者擔(dān)任本院客座教授。

　　我院積極開(kāi)展學(xué)科建設(shè)工作，依托政治學(xué)及其他相關(guān)學(xué)科，下設(shè)臺(tái)灣政黨政治、臺(tái)灣選舉、臺(tái)灣史、臺(tái)港澳法律、京臺(tái)經(jīng)濟(jì)貿(mào)易等五個(gè)學(xué)科研究方向，并建立了相應(yīng)的學(xué)科建設(shè)平臺(tái)和學(xué)科研究梯隊(duì)。

　　2007年起，我院與應(yīng)用文理學(xué)院歷史系聯(lián)合招收、培養(yǎng)臺(tái)灣歷史文化方向碩士研究生。從2015年起，我院臺(tái)灣史研究方向獨(dú)立招生。